Ну смотрите, с точки зрения программных поправок, для Вашей камеры это черный ящик, ничего вообще самостоятельно сделать нельзя, но если Ваш объектив имеет устояйчивую тенденцию к беку или фронту на всех фокусных, то с большой долей вероятности механическая регулировка камеры принесет положительный результат (отчего не всегда, надо рисовать и правильно мерять, сталкивался), собственно это говорит, что сам объектив отъюстирован правильно, что далеко не всегда, за последнее время сталкивался с несколькими случаями. Однако, из опыта одного товарища, не правильная регулировка положения датчика авто фокуса приводит к странному поведению объектива (разные ошибки и их направление от разных расстояний фокусировки), почему можно было бы теоретизировать, но чесно лень, так как не имеет для меня практического смысла. Вывод, чаще всего при разнообразных ошибках объектива, особенно если остальные ведут себя пусть и не правильно, но предсказуемо, то для G объективов сервис (лучше отправлять вместе с камерой, для Вашей камеры, однозначно с камерой), для D, камеру вместе с объективом отправить можно, но результата возможно не будет вообще (есть прицинденты).
Что касается фокусировочного экрана, насколько я понимаю, производитель на него плюнул вообще, собственно этот вывод можно сделать из его крепления и отсутствия регулировки (поправте если я не точен в описании конструкции). Вы же правильно говорите, что точность фокусировки по нему будет зависить от соблюдения его положения относительно основного зеркала, ну и от положения самого зеркала относительно объектива и матрицы, для совпадения результатов фокусировки по экрану в видоискателе и по датчикам фокусировки надо соблюсти расстояния и углы установки для всех элементов, т.е. обоих зеркал, фокусировочного экрана, модуля авто фокуса, матрицы и задних линз объетива. Но есть еще пару подводный камней, так называемая кривизна фокального поля объектива и шифт фокуса от диафрагмы, тут камера вообще не причем, как я писал ранее это устраняется в современных объективах внесением поправок в таблицы, хранящиеся в самих объективах, причем я так понимаю, каждый объектив не юстируется вовсе, вносимые на заводе поправки касаются вообще конструктивных особенностей объектива, и если конкретному экземпляру требуется подстройка, то тут только сервис.
Для себя я сделал вывод, что в нынешних реалиях производства и контроля качества, что камер, что объективов, даже не смотря на их топовость, не стоит покупать камеры без тонкой подстройки авто фокуса, у меня 4 объектива, три из которых требуют поправок, славо богу боль мень одинаковых для различных фокусных и расстояний фокусировки. Это для D7000, есть опыт работы с D800E с топовыми 14-24, 24, 24-70, поправка не требуется разве что для 14-24, и то если не придераться.
