Скажу про свою Д90.
Она для меня превосходит Д40 прежде всего в скорости, причем всего - и настроек (кнопок больше), и самой съемки.
Кроме того, в ней гораздо больше возможностей настройки и кастомизации. Но это более всего важно тому, кто, как я, снимает сразу в Джипег. Думаю, что разница для "равистов" будет меньше.
12Мп Д90 тоже реально помогают, когда не хватает длины объектива, или хочется ресайзнуть для уменьшения шума, или же хочется распечатать А4 или А3.
Ещё очень полезна композиционная сетка в видоискателе. Да и сам видоискатель крупнее и светлее.
Отвертка позволяет ставить на Д90 старую, дешевую, но хорошую оптику Никона. Любителям фиксов это может быть полезно.
Ну и, наконец, Д90 ощущается в руках гораздо более "фотокамерой". солидной, тяжелой, настоящей вещью, супротив немного "игрушечной", маленькой и легкой Д40. Но это все, конечно, эмоции. Однако, они имеют значение.
В общем, достойная замена.
Но есть и минусы: безуспешно худшие скин-тоны - для меня это ГЛАВНЫЙ минус Д90, лязгающий затвор, из-за которого у меня идет смаз даже на 1/30 с, а на Д40 все резко даже и на 1/13 с , синхронизация вспышки на 1/200 с, из-за чего мне теперь надо докупать SB-900, которая одна стоит дороже, чем Д40 кит+SB-400.
Более консевративный замер Д90 - это как-бы плюс, но вот, представьте себе, мне вдруг стало не хватать светлости замера Д40...
Вот такие наблюдения.