ДНК-секвенсор в виде USB-устройства

От это технологии...
http://www.membrana.ru/particle/17622

Гаттака приближается

про цифрозадник в форме ролика фотопленки тоже уже много раз обещали, что "появится на прилавках уже в нынешнем году"

Предвестник зловещих времён эта штучка... :)

Ёп-та.. Нихрена себе.. Если реально работает как сказано, да еще без предварительной амплификации полимеразой (нудное и скучное дело), то знаю кучу народу которые этой фигне ой-как обрадуються (я про серверный вариант). Флешка же - скорее просто дорогая игрушка для работы в поле, не вижу кому может понадобиться довольно дорогой, одноразовый, хоть и очень портативный анализатор. Разве что каким-нибудь вирусологам охотящимися за зомби.

Цитата:

от:texu
От это технологии...
http://www.membrana.ru/particle/17622

Подробнее

X-files использовали подобный прибор. К нему еще софт будет тыщь за десять. И анализер-порфессионал с кандидатской степенью.

Первых программистов тоже было мало...

Цитата:

от: Shiroima
Предвестник зловещих времён эта штучка... :)

Все имеет и плюс и минус. Такая штучка может, как я понимаю, наладить индивидуальный подбор лекарств, или даже заказ на синтез необходимого, но пока не существующего.

Цитата:

от: Андрей Якубовский
Все имеет и плюс и минус. Такая штучка может, как я понимаю, наладить индивидуальный подбор лекарств, или даже заказ на синтез необходимого, но пока не существующего.

Это скорее всего для криминалистов прибор - для оперативной идентификации преступников.

Народ, какая криминалистика... Для определения ДНК с стомиллионной долей точности достаточно немного ДНК и десяток-другой маркеров (которые цепляються и определяют определенные сегменты). Потом это все хозяйство проявляют посредством гелевого электрофореза + флюоресцентных антител на маркеры и готово. Дёшево, сердито и в ходу еще с 80х. Занимает пару часов (при этом можно параллельно делать кучу таких анализов), себестоимость - около 10 баксов для хорошо оборудованной лаборатории. Время лаборанта дороже самого теста.

Сиквенсеры в первую очередь нужны для работы в областях генетики и протеомики (изучение белков по последовательности аминокислот). На вскидку, легкий и доступный сиквенсер позволяет:

- Сходу определить что тут за ген сравнивая его с уже существующей библиотекой
- Найти гомологи этого гена (т.е. похожие гены от других видов животных, скажем от кролика или вообще от герани)
- Смоделировать белок (к примеру, фермент) который закодирован в этом гене

Что возможно еще важнее: дает возможность сходу нарисовать карту рестрикционных эндонуклеаз (они же рестриктазы). Рестриктаза это фермент который "режет" ДНК в местах с строго определенной последовательностью нуклеотидов, где их потом можно склеить другим ферментом. Подходящие рестриктазы позволяют вырезать плюс-минус подходящие куски ДНК (обычно - цельные гены кодирующие определенный белок). А потом... т.к. куски будут одинаковые и на новом гене и в уже существующей молекуле, туда легко впаять новый кусок ДНК.

Если интересно какой тут практическое применение - пожалуйста. Вставка ферментов для производства редких веществ (обычно лекарств) в бактерии, которые их потом могут клепать до посинения. Самый лучший пример - инсулин. До 80х он стоил непозволительно дорого т.к. его приходилось добывать из (если я не ошибаюсь, анатомия не мой конёк) свинных поджелудочных (то что свиньи знаю точно, орган не помню). Потом немного умных дядей под направлением капиталиста впихнули ген для производства инсулина в бактерию. С тех пор он стоит копейки, что очень сильно упростило жизнь диабетикам.

Без сиквенсеров это нужно делать по старинке. А именно - взять кусок ДНК и резать его всеми возможными рестриктазами. Чтобы потом сравнить длинну фрагментов и составить наиболее логичную карту с локациями последовательностей разреза.

ПС: извиняюсь если хреново понятно или неправильные термины.

Как и любая прорывная технология имеет массу потенциальных применений.
Так же, как тест ДНК иожет использоваться как для идентификации преступника, так и для установления отцовства, например. Или установление наличия ГМО, идентификация вирусов....................

Такой прибор просто делает такие технологии доступнее.

Цитата:

от: Андрей Якубовский
установление наличия ГМО

Спасибо, посмеялся. И чем же они таким отличаються от не-ГМО организмов что можно увидеть по структуре ДНК? Любая цепочка сама по себе ни о чем не говорит без сравнения с гомологами. Максимум что можно - сравнить генокод с оригинальным видом который модифицировали... Тогда да, будет видно что и куда вставили, как минимум по куску гена и локациях разреза рестриктазами. Без этого - это будет просто кусок гена с локациями возможного разреза рестриктазами. Таких генов большинство т.к. рестриктаз найдено уже около 600 штук. Но как знать с чем сравнивать если этого не скажут учёные? А если скажут, то и так понятно что это ГМО.

Кроме того, ГМО продукты - безвредны, даже по определению ГМО еды. Это биологические виды в которые строго определенным способом добавили строго определенный фермент. Этот фермент имеет давно известную функцию. Например, вставляет закорючку в клеточную мембрану чтобы к ней не могли прицепиться вирусы такого-то класса. Во многом они даже чище натурально выращенных продуктов т.к. весь генокод находиться под контролем в лаборатории где его создали.

Проблема с ГМО совсем другая, но абсолютно не та о которой пишут попы и домохозяйки. А именно - уменьшение разновидности. Если 90% фермеров будут выращивать определенный вид кукурузы из-за урожайности (а это так и будет при достаточно большом преимуществе определенного сорта ибо бабло), то какой-нибудь вирус вполне спокойно может накрыть 90% жратвы. Сейчас же сортов - сотни и вероятность что вирус поразит все сразу намного меньше потому что они довольно сильно отличаються.

Возможно, это национальная особенность России :D . Сейчас прилавки завалены продуктами с надписью "Не содержит ГМО". И по телевизору дебаты, "а как это проконтролировать?".

Ага, видел фотки... этикетка соли: "Этот продукт не содержит ГМО!"

Много думал.

Удивило как много откликов вызвало это сообщение.

Мне это было любопытно, так как я своим руками сиквенировал ДНК с 1984 года. И химическим методом и ферментативным. Потом считывали полученные последовательности с рентгеновских пленок в компьютерные файлы. Потом анализировали. Времени занимало прилично, но другого выхода тогда не было.
С середины 90-х стали отдавать на определение последовательности в фирменные лаборатории, чтобы своего времени на это не тратить. И там я вижу сиквенаторы меняются по своему принципу действия и дешевизне затрат на работу.

Цитата:

от:Boris Moscow

С середины 90-х стали отдавать на определение последовательности в фирменные лаборатории, чтобы своего времени на это не тратить. И там я вижу сиквенаторы меняются по своему принципу действия и дешевизне затрат на работу.

Подробнее

Я был на семинаре по 454 сиквенсу в 2008. Они обещали бенч-энд секвенатор к 2012 по моему и полный 1000 долларовый геном к 2015. И все равно, как ни крути требуется кандидатская степень что бы его расшифровать. ;)

Цитата:

от: texu
Первых программистов тоже было мало...

кодеров много, программистов и сейчас мало. ;)

Цитата:

от: Андрей Якубовский
Все имеет и плюс и минус. Такая штучка может, как я понимаю, наладить индивидуальный подбор лекарств, или даже заказ на синтез необходимого, но пока не существующего.

Отличать своих от чужих по ней будут. Сначала для доступа к кормушке, а потом просто ловить на улице, отличать и если чужой ставить к стенке.

Цитата:

от: Shiroima
Отличать своих от чужих по ней будут. Сначала для доступа к кормушке, а потом просто ловить на улице, отличать и если чужой ставить к стенке.

Чтоб к стенке ставить такие сложности не нужны...

Цитата:

от:Don Julio
Проблема с ГМО совсем другая, но абсолютно не та о которой пишут попы и домохозяйки. А именно - уменьшение разновидности. Если 90% фермеров будут выращивать определенный вид кукурузы из-за урожайности (а это так и будет при достаточно большом преимуществе определенного сорта ибо бабло), то какой-нибудь вирус вполне спокойно может накрыть 90% жратвы. Сейчас же сортов - сотни и вероятность что вирус поразит все сразу намного меньше потому что они довольно сильно отличаються.

Подробнее

пробелма с ГМО что его выводют устойчивым к химикатам спецально ДЛЯ ТОГО ЧТО Б ЛИТЬ БОЛЬШЕ ХИМИКАТОВ что б фсё остальное здохло. фключая,, естессно, сожравшего это гмо с более 9000% ДДТ в нём..


Цитата:

от: Андрей Якубовский
индивидуальный подбор лекарств

или йадов посыпал в водопровод,, и шыто крыто хДДДДД