Вы меня, конечно, извините, но я без спросу взял ваш фрагмент и избавил его от этих "пупырышек" секунд за пять. Не хотел, вышло как-то по неосторожности. А я всего лишь взял программу, которая есть у каждого из вас без исключения, загрузил в нее и она, дура, взяла и испортила ваш фрагмент - пупырышки убрала, а сам рисунок оставила и даже с оттенками.
Как видите, я, старик без образования, тоже шутит умею, но беззлобно, не так, как вы, господа хорошие.
Парни, вы чё, издеваетесь над человеком что ли, или у вас шуточки такие примитивные??? Ну, пошутили раз, пошутили два, а потом-то можно и по- серьёзному сказать человеку, что "от периодической структуры избавляется при помощи разложения Фурье и перевода изображения в частотную область" - это основа основ в любом растровом шумоподавителе.
[Советчики-антисоветчики, блин... с двумя высшими образованиями].
Только один проход с практически установками по умолчанию ШП-ля Neat Image какой-то древней версии и больше ни одной операции вообще ни в нем, ни в редакторе. Что ожидал, то и получил. И странно было бы не получить - задача идеально вписывается в идею ШП.

RazTrend LLC и sa2324 были ближе всего к хлопотному, но правильному решению. Головка у сканера не ровно вертикально светит, поэтому рельефности по-разному затеняются. Эта структура имеет пирамидальную, правильную форму - от четырех проходов получилось бы превосходно. Но совмещение - морока, конечно, но программ совмещения много, совместить можно и в ФШ опцией align в нескольких функциях применяется. По памяти сказать не возьмусь (шопом не пользуюсь и даже не установлен), но в HDRi-функции, кажется, есть точно.