На карточке обычные файлы, такие же, как и на любом другом диске FAT32. Так что пользоваться или нет родным софтом для банального копирования файлов с места на место — вопрос сугубо посторонний.
То, что у Вас появляются файлы с суффиксом (1), означает одно — в каталоге назначения уже имеются файлы с такими именами.
