Кто-то недопонял ваш вопрос (как спутать с цифровым зумом, при нем не меняется кол-во мегапикселей на выходе), а кто то вообще толи ерунду написал (как может в фотике часть матрицы использоваться, а главное для чего ?), толи вопрос не читал.
Вот пример замера шума при попкисельном сравнения и сравнение для печати к 6 Мпкс, (взят отсюда) 6, 12 и 13 мегапиксельные камеры. Без разницы как эти 6 Мпкс получаются, внутри камеры или потом ресайзом в редакторе.
http://www.dxomark.com/index.php/eng/Image-Quality-Database/Compare-cameras/%28appareil1%29/229|0/%28appareil2%29/294|0/%28appareil3%29/248|0/%28onglet%29/0/%28brand%29/Nikon/%28brand2%29/Nikon/%28brand3%29/Nikon
Фотик всегда снимает на всю матрицу, если вы выбирете РАВ формат, то вообще нельзя менять кол-во мегапикселей. А jpg формируется внутрикамерным конвертером и при выборе меньшего кол-ва мегапикселей, происходит ресайз в конверторе. Нет никаких специальных технологий ни в кэноне не еще в каком либо фотике, просто при ресай всегда уменьшается шум.
При ресайзе 10Мпкс до 0,1Мпкс вы даже ИСО1600 не отличите от ИСО100

После ресайза до 6 Мпкс D90 шум в 36db пересекает примерно при ИСО300, а до ресайза при 12Мпкс примерно при ИСО150.
И так на любом фотике.