Цитата:от:Dmitry Voronov
Какие слои?? Вроде, это не скан, но чисто текстовый пдф, без графики. Те слова, что проступают на Вашей обработке, просто выделены фоном, но все слова с одинаковым успехом переводятся в текст... 
Подробнее
Это вообще открыто в PSD.
А делается так: PDF файл открывается в Foxit Phantom или PDFСreator, или в той, которая взломает его код. Если не взломать, то в тогда выполняется в этой программе фактически второй слой, т.е. закрывается фоном нужное место, и печатается нужное.
Потом запоминается опять в PDF одним файлом (PDFСreator не помню, а Foxit Phantom запоминает в одном слое).
Но если вы откроете хотя-бы в Ридере такой файл, то и так приглядевшись, сможете увидеть, что изменения были - фон слегка отличается.
можете проверить, увеличьте до 200-300%, и вам самому станет ясно:
http://www.novayagazeta.ru/storage/b/2012/05/18/spisokOPRF2012.pdf
А при открытии в PSD просто все изменения явно проступают.