В 1812 году данный комплекс оказался единственным действующим культовым учреждением во всей Москве. Остальные православные храмы были закрыты. Но так как народу нужно было как-то справлять требы, он потихоньку и потянулся к староверским рогожским церквам. Получилось, что в них в то время на службу ходили и староверы и никониане, причем последних никак не обижали.
Но после изгнания Наполеона и возвращении убывших церковных служителей, как всегда разыгралась свара, закончившаяся в 1856 году уже при Николае I опечатыванием алтарей храмов и прекращении в них всякого богослужения. Распечатывание алтарей с возобновлением служб было проведено только в 1905 году.