Если Вы про то, что ожидали на выходе получить позитив, а получился негатив, так наверняка где-то стоит галочка сканировать, как слайд - снимите или выберите опцию как негатив (уж не знаю, чем вы пользуетесь).
Ежели Вы сознательно сканировали негатив, как позитив (чтобы потом обратить в фш, но в чем я сильно сомневаюсь), то подберите баланс белого по межкадровому промежутку...