Апертура 2 уже древняя сама по себе. Я бы обязательно обновил до последней актуальной (если системные требования позволяют). В 3-й много чего появилось нового, но самое главное - очень сильно повысилась скорость работы и особенно скорость импорта и экспорта картинок.
Вспоминаю 2-ю версию, и сравнивая с тем как сейчас работает 3-я, это же земля и небо. Только надо не забыть обезопаситься при конвертировании проектов второй версии в третью. Там менялся то ли сам демозаик, то ли другие процедуры, но обработанные равки после переводу в новую версию процесса могут выглядеть немного по-другому (понятно что сами мастера не затрагиваются, оригиналы остаются оригиналами).
У Вас, как по мне, очень большая основная библиотека. Я то привык работать отдельными библиотеками для отдельных мероприятий или отдельными тематическими сборниками, типа Природа, Город, Семья. Тем более, что в Апертуре удобно работать с отдельными проектами, всегда можно экспортнуть любой из них а отдельную библиотеку или наоброт импотнуть проекты из отдельной библиотеки в любую другую. Правда, не помню во второй это было или нет. Вроде работа с любыми библиотеками на выбор появилась только в третьей версии? Кстати, тоже большой плюс перехода на третью версию.
Но ещё раз советую в случае обновления на более новую версию, обязательно сделать резервную копию текущей библиотеки и экспериментировать только на копии. Или, если я ошибаюсь, и во второй версии уже был экспорт выбранных проектов и каталогов в отдельную библиотеку, делать конвертирование библиотеки частями.